Năm 1897, Fischer là người đề xướng việc thành lập Ủy ban Trọng lượng Nguyên tử và Đa dạng Đồng vị. Ông được chọn để trở thành Thành viên Hội Hoàng gia (ForMemRS) năm 1899. Năm 1902, ông nhận giải Nobel Hóa học nhằm "ghi nhận những đóng góp của ông trong việc nghiên cứu các phản ứng tổng hợp đường và purine."

Để vinh danh Fischer, nhiều phản ứng hóa học và khái niệm đã được đặt theo tên của ông, bao gồm:

• Phản ứng tổng hợp indol Fischer
• Công thức hình chiếu Fischer
• Phản ứng tổng hợp oxazole Fischer
• Phản ứng tổng hợp peptide Fischer
• Phản ứng Fischer tạo osazon từ phenylhydrazin
• Phản ứng ete hóa Fischer - Speier
• Phản ứng glycosyl hóa Fischer

Cần lưu ý rằng, quá trình Fischer - Tropsch được đặt tên theo nhà hóa học Franz Emil Fischer - giám đốc Viện Nghiên cứu Than Max Planck ở Muelheim và không có quan hệ gì với Hermann Emil Fischer.